Ο αρχαιολόγος Ισίδωρος Κακούρης έχει υπηρετήσει στην Αρχαιολογική Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού ως επιμελητής βυζαντινών αρχαιοτήτων στις Εφορείες Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Καβάλας και Πατρών και ως προϊστάμενος στην Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Σπάρτης, ως προϊστάμενος στο Τμήμα Βυζαντινών Μουσείων, ως προϊστάμενος στη Διεύθυνση Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων και στην Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Πολιτισμός». Έχει διατελέσει πρόεδρος του Ταμείου Διαχείρισης Πιστώσεων για την Εκτέλεση Αρχαιολογικών Έργων,  μέλος του Τοπικού Συμβουλίου Μνημείων Πελοποννήσου, του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, του Κεντρικού Συμβουλίου Νεωτέρων Μνημείων, καθώς και εθνικός συντονιστής της UNESCO για θέματα της παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς, εκπρόσωπος του ΥΠΠΟ στο Συμβούλιο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων για θέματα πολιτιστικής κληρονομιάς και διακίνησης πολιτιστικών αγαθών, μέλος της Καλλιτεχνικής Επιτροπής του Μουσείου Μπενάκη και της Ειδικής Συνοδικής Επιτροπής της Εκκλησίας της Ελλάδος για τα Χριστιανικά Μνημεία. Εξακολουθεί να είναι μέλος του Δ.Σ. του Ευρωπαϊκού Κέντρου Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων. Είναι επίσης μέλος της Αρχαιολογικής Εταιρείας, της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας και της Εθνικής Επιτροπής του ICOM. Διαθέτει εμπειρία σε θέματα ανασκαφών, μελέτης, αποκατάστασης και ανάδειξης μνημείων, οργάνωσης μουσείων και εκθέσεων, διαχείρισης πολιτιστικών αγαθών και σύνδεσής τους με την οικονομία και κυρίως με τον τουρισμό. Έχει μετάσχει σε επιστημονικά συνέδρια στην Ελλάδα και το εξωτερικό και έχει γράψει άρθρα και μελέτες με θέματα που αφορούν τη βυζαντινή τέχνη και ιστορία και τη διαχείριση και διακίνηση των πολιτιστικών αγαθών.